Csépe Valéria a diploma megszerzése óta dolgozott kutatóként a Magyar Tudományos Akadémia Pszichológiai Kutatóintézetében. Kutatásait 2008 és 2014 között, akadémiai választott vezetői megbizatásának idején is folytatta. Ebben az időszakban a kutatócsoport vezetését tanítványa, s egyben legfőbb munkatársa, Honbolygó Ferenc látta el.  Az MTA Közgyűlése 2008, majd 2011 májusában Pálinkás József elnök és Németh Tamás főtitkár mellett Csépe Valériát (első nőként magasabb akadémiai vezetői pozícióra) választotta meg főtitkárhelyettessé.

Az Akadémiát szívügyének, az MTA kutatóhálózatának a jó hagyományokat megőrző megújulását pedig kiemelten fontos feladatának tekintette és tekinti. Nem híve a "mindent változtassunk meg azonnal" reformoknak. A fokozatos, kitartó, az egymást követő vezetők ciklusain átívelő, érték- és érdemvezérelt fejlődésben, a hosszú távú gondolkodásra támaszkodó stratégia napi feladatokra történő lebontásában és megvalósításában szeretne szerepet vállalni.  Az akadémiai vezetők között kialakult munkamegosztásból következően számos önálló feladata volt, ezek közül ma is ellátja az MTA Közoktatási Elnöki Bizottsága (KEB) elnöki feladatait.  

A Magyar Tudományos Akadémia kutatóhálózatának  2011-ben és 2012-ben végrehajtott átalakulása során az MTA Pszichológiai Kutatóintézete az MTA Természettudományi Kutatóközpont intézetévé vált. Ezzel egyidejűleg, mindnekelőtt a Nemezi Agykutatási Program célkitűzéseiből kiindulva, egy új, a  multidiszciplináris idegtudományi kutatás jelent meg fejlesztési célként az MTA TTK  kutatási palettáján. Az erre a funkcióra kialakított infrastruktúrális fejlesztés (3T MRI K+F célokra) és szervezeti újítás (Agyi Képalkotó Központ) a nemzetközi élvonalhoz való felzárkózást teszi lehetővé.

Az Agyi Képalkotó Központ (AKK) az új funkcióra kialakított, az MTA TTK önálló szervezeti egységeként működő részleg  2014. április 1-től. Alapítói az Agyi Szerkezet és Dinamika, valamint a Neurokognitív Fejlődés  kutatócsoportők. Az AKK-ban folyó kutatási és fejlesztési programok megvalósításához az emberi agykutatás legkorszerűbb módszerei és eszközparkja áll rendelkezésre, melynek kiépítését a Nemzeti Agykutatási Program (NAP) valamint a Magyar Tudományos Akadémiának a kutatóhálózat infrastrukturális megújulását segítő támogatásai tették lehetővé.

Az MTA TTK Agyi Képalkotó Központjában a tudományos haladást elősegítő, közvetlenül vagy közvetve a hazai gyakorlatban is hasznosítható felfedező és célzott kutatások folynak. Az AKK kutatóinak küldetése az emberi agy működésének jobb és mélyebb megértése, s ezen belül olyan részcélok elérése, amelyek széleskörű hazai és nemzetközi együttműködésben valósulhatnak meg. Az AKK legfőbb céljai:

  • A magasabb szintű ép és kóros agyi funkciók neurális alapjainak feltárása
  • Az agyi szerkezet és funkció megismerését segítő új módszerek fejlesztése
  • A neuro-pszichiátriai betegségekkel kapcsolatos gyógyszerkutatásban alkalmazható agyi képalkotó eljárásokon alapuló biomarkerek fejlesztése
  • Az agyi képalkotásra támaszkodó, eltérő tudományterületeken képzés alatt álló egyetemi hallgatók oktatása, fiatal kutatók képzése, a tudományos utánpótlás biztosítása
  • Az idegtudomány módszereire építő interdiszciplináris kutatások elősegítése
  • Hazai és nemzetközi együttműködések továbbfejlesztése, s újak kialakítása

Az AKK MRI laboratóriuma nyílt laboratóriumkénr működik, azaz mérési lehetőséget és szakmai segítséget biztosít, azaz K+F szolgáltatást nyújt a képalkotó eljárásokat alkalmazó, támogatási forrással rendelkező kutatói és fejlesztői teameknek.